双叶幼稚园的小朋友们来到了高快乐园，在此进行愉快的远足活动。期间，小新（矢岛晶子配音）在误打误撞之中来到了高快马戏团内，看到了木偶娃娃多佩玛（渊崎有里子配音）。多佩玛告诉小新，自己被邪恶的乔奇莉诺（室井深雪配音）施下了诅咒只能在晚上现身，而这个马戏团其实是邪恶的马卡欧（大冢芳忠配音）和裘马（田中秀幸配音）两人的老巢，而小新拥有能够将他们打败的扑克牌。　　害怕的小新并没有答应帮助多佩玛，第二天，...

　　被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。　　已经得到了八个勋章的小智（松本梨香配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育江配音）和同伴小霞（饭冢雅弓配音）小刚（上田佑司配音）刚结束了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强的小精灵训...