第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗...

吸血鬼莱斯塔特（斯图尔特·汤森StuartTownsend饰）从长眠中苏醒，他不甘于趋于黑暗之中，于是他曝光于大众之下成为了一个摇滚歌手，一次意外莱斯塔特救了图书管理员杰西·瑞薇丝（玛格丽特·莫罗MargueriteMoreau饰），他的身份被杰西发现。莱斯塔特用他的歌声唤醒了传说中沉睡千年的吸血鬼女王阿卡沙（阿丽雅Aaliyah饰），阿卡沙与莱斯塔特展开了一场向旧仇人的报复计划，可他没有想到阿卡...