埼玉县，新越谷高校。这年春天入学的武田咏深，在那里与儿时好友的山崎珠姬重逢。中学时代，由于没有捕手能接住咏深的球，因此她那激烈变化的“魔球”无法投出，于是中途放弃了棒球。但在强豪队伍中磨练了实力的珠姬，成功地接下了咏深的变化球。实现了幼时的约定，再次相遇的两人，与同班的川口姐妹及其他同伴们一起让停止活动中的棒球部复活。目标是全国！新生·新越谷高校棒球部的挑战从这里开始——...

　　堪称动画史上的最强对决到来！传奇大盗鲁邦三世（栗田贯一配音）和他的战友次元大介（小林清志配音）、石川五卫门（浪川大辅配音）来到东京，以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南（高山南配音）。在此之后，鲁邦高调寄出预告书，扬言要盗取某银行内的稀世珍宝樱桃蓝宝石，为此国际刑警组织（ICPO）的鲁邦三世专门搜查官钱形幸一警部（山寺宏一配音）与目暮警官（茶风林配音）为代表的日本警视厅通力配合，决心给大盗迎头痛击...